Основные жанры творчества Шнитке - симфонические и камерные. Композитором созданы пять симфоний, четыре концерта для скрипки с оркестром, концерты для гобоя и арфы, для фортепиано, альта и виолончели, оркестровые пьесы «Pianissimo...», «Пассакалия», «Ритуал», «(K)ein Sommernachtstraum». А также три concerti grossi, Серенада для пяти музыкантов, фортепианный Квинтет и его оркестровый вариант «In memoriam», «Жизнеописание»: для ударных, Гимны для ансамбля, струнное Трио, Две сонаты для скрипки с фортепиано, cоната для виолончели с фортепиано, «Посвящение Паганини» для скрипки solo. Несколько произведений Шнитке предназначены для сцены, это балеты «Лабиринты», «Эскизы», «Пер Гюнт» и сценическая композиция «Желтый звук». По мере эволюции стиля композитора все большее значение в его творчестве приобретают вокальные и хоровые сочинения: Три стихотворения Марины Цветаевой, Реквием, Три мадригала, «Minnesang», «История доктора Иоганна Фауста», Концерт для хора на стихи Г. Нарекаци, «Стихи покаянные» (к 1000-летию крещения Руси). Поистине новаторской является чрезвычайно интересная работа Шнитке над музыкой в кино, в частности в фильмах «Агония», «Стеклянная гармоника», «Рисунки Пушкина», «Восхождение», «Прощание», «Маленькие трагедии», «Мертвые души».