Первоначальный фонд Пушкинки со дня ее открытия в 1900 году составлял 2 807 томов. Последующие годы отмечены повышением социального статуса библиотеки в городе, увеличением спроса читателей на книги и периодические издания. По мере роста фонда появилась необходимость в организации книгохранилища. Уже в 1904 году библиотека выделила для него 6 помещений. Дальнейшему развитию помешали неотвратимые исторические события.

1-я мировая война 1914, революция 1917 года, голод и разруха на юге страны отразились на деятельности и нашей библиотеки. Этот период был очень драматичным в ее истории: высокая задолженность читателей, неудовлетворенные требования, утерянные и пришедшие в негодность книги, запущенность фонда, нехватка квалифицированных специалистов.

Однако все плохое когда-нибудь заканчивается, и в истории страны наступило время стабильности и роста производства. Библиотека продолжала жить и развиваться для читателей. В 1926 году центральная Кубанская окружная имени А.С. Пушкина библиотека уже имела фонд 48 304 экземпляров книг и периодических изданий, из них фонд главного книгохранилища составлял  20 439 экз.

В 1933 году отдел книгохранения с фондом 55 000 книг и журналов  располагался в небольшом, плохо приспособленном помещении, состоящем из трех темных комнатушек, в которых горы литературы просто лежали на полу. Еще 50 тысяч книг общего библиотечного фонда были складированы на запасной лестнице из-за отсутствия помещения. Такая ситуация сохранялась вплоть до 1936 года. Именно тогда решением Президиума городского Совета были выделены дополнительные площади для библиотеки и книгохранилища в том числе.  Началось время расцвета нашей библиотеки. На ее содержание выделялись необходимые средства, фонд регулярно пополнялся новой  литературой.

В предвоенном 1940 году библиотека отметила свой 40-летний юбилей. Сохранившиеся документы свидетельствуют о значительных результатах  в ее деятельности, полноте и богатстве фонда, который на тот момент составлял 116 864 экземпляра. Книгохранилище располагалось в пяти комнатах, книги стояли на крепких дубовых стеллажах. Обеспыливание фонда отдела проводилось с помощью специально приобретенного для этих целей пылесоса. Но пришла война…

Фонд библиотеки и ее имущество по разным причинам эвакуировать не удалось. В последние дни перед оккупацией директор библиотеки О. Я. Кравцова вместе с другими библиотекарями спрятала часть книг, среди которых были произведения классиков марксизма-ленинизма, уникальные издания русской и мировой литературы, краеведческие книги. Но все усилия были тщетны. Фонд из книгохранилища был сброшен оккупантами в читальный зал. Книги, газеты, журналы хаотично лежали на полу. Ветер носил по разоренному читальному залу мусор и оторванные книжные листы.

По распоряжению немецкого командования началось уничтожение произведений классиков марксизма-ленинизма и антирелигиозной литературы. Самые ценные издания вывозили в Германию. Так, из фонда библиотеки была вывезена уникальная литература по истории России, всеобщей истории, истории русской и мировой литературы, издания по геологии Кавказа и СССР, по вопросам месторождения, добычи и переработки нефти, вся дореволюционная литература, книги по экономики  Кубани, общие и отраслевые справочные издания, полные комплекты изданий дореволюционных и советских энциклопедий! Во время оккупации погибло свыше 85 000 экземпляров книг и журналов, был полностью уничтожен газетный фонд!

После освобождения Краснодара от немецко-фашистских захватчиков в библиотеку вернулись директор и библиотекари. Началось восстановление утраченного фонда библиотеки. Библиотекари собирали книги у населения города, покупали литературу у частных лиц, приносили из дома личные издания. Вскоре в краевую библиотеку пришли первые поступления литературы из Государственного фонда, организованного Наркомпросом РСФСР.

Долгожданная победа принесла мирную жизнь в полуразрушенный город, возродившаяся библиотека вела активную работу, фонд библиотеки превысил довоенный уровень - 154 065 экземпляров. В отделе книгохранилища работало всего два человека. В связи с отсутствием помещения было законсервировано около 35 000 книг и журналов. Из архивных источников нам известна только фамилия заведующей отделом основного книгохранения, работавшей в эти годы, - Пономаренко. Сведений о ее предшественниках история не сохранила.

В 1949 году в библиотеке был организован отдел литературы специального хранения. По специальным разрешениям этим отделом пользовались специалисты, научные работники, аспиранты, преподаватели, корреспонденты и партийные работники. В этот же период времени была завершена полная обработка и расстановка книжного фонда отдела основного книгохранения с фондом 235 тыс. экземпляров.

В июне 1956 года библиотека переехала в новое здание, где находится и ныне. Самым примечательным в нем было наличие шестиярусного книгохранилища на 650 тыс. томов! Обеспечивало работу отдела 9 человек. К 1968 году фонд библиотеки превысил 1 млн. экземпляров! И снова назрела проблема размещения фонда. Не спасли положение  добавленные 420 погонных метров книжных полок в отделе основного книгохранилища. Возглавляла отдел Людмила Александровна Воловик. 

В 1972 году отделом книгохранения разворачивается работа по выявлению из общего фонда и выделению в самостоятельное хранение редких и особо ценных изданий, реферированных и аннотирование книг, составлению подсобного каталога редких книг и книг из частных коллекций.

В краеведческом фонде выделили книги с автографами известных историков и исследователей Кубанской области. Фонд редких и особо ценных изданий в 1975 году насчитывал 1 613 книг и журналов (сегодня – 5 340 экземпляров)!

Расширение задач, стоящих перед отделом основного книгохранения повлекло за собой изменения в структуре отдела. В 1984 году отдел выглядел так: сектор хранения основного фонда, сектор редких книг и литературы специального хранения, сектор гигиены и реставрации фонда с переплетной мастерской.

В 1991 году Советский Союз перестал существовать, годы перестройки и гласности затронули и библиотечную жизнь. На волне демократии были открыты специальные фонды библиотеки, ранее закрытые для пользования «простых» читателей. 2064 экземпляра книг были переданы в общие фонды библиотеки.

Фонд отдела основного книгохранения в 1996 году насчитывал 847 тысяч экземпляров. Площадей для размещения книжного массива не хватало. Перед заведующей отделом Т.В. Ворониной стояла задача изыскать возможности размещения фонда: были установлены дополнительные полки и стеллажи, уплотнен уже расставленный фонд. Все издания, лежащие ранее на полу, обрели свои постоянные места на книжных стеллажах!

Начиналось новое тысячелетие. Краснодарская краевая универсальная научная библиотека им. А.С. Пушкина уверенно вошла в ХХI век. Фонд библиотеки составлял 1 млн. 232 тыс. экземпляров. В него входили ценнейшие дореволюционные издания начиная с XVI века, академические  и юбилейные труды, собрания сочинений, прижизненные издания и современные издания отечественных и зарубежных писателей и ученых, краеведческий фонд, большой газетный и журнальный фонд с дореволюционного  периода.

Краеведческий фонд библиотеки, составляющий более 50-ти тысяч томов – национальное достояние не только Кубани, но и всей России! Самая ценная его часть – это «Кубанские сборники» - труды местного статистического комитета, «Отчеты наказного атамана Кубанского казачьего войска и начальника Кубанской области», «Кубанские календари», «Известия ОЛИКО».

На сегодняшний день фонд отдела основного книгохранения насчитывает почти 700 тыс. книг, 11 тыс. единиц хранения газет и 84 тыс. единиц хранения журналов. Это примерно 61% фонда всей библиотеки! Тогда как физическая вместимость отдела основного книгохранения - 650 тыс. экземпляров. Нельзя не назвать имена заведующих этим важнейшим отделом – это Пономаренко (имя, отчество и годы работы неизвестны), Л.В. Маркова (? -1958 г.г.), Л.А. Воловик (1958-1996 г.г.), Т.В. Воронина (1996-2010 г.г.).  С 2009 года отдел возглавляет К.В. Власова.

В настоящее время богатейший универсальный фонд библиотеки составляет почти 1 млн. 300 тыс. изданий. Долгие годы ее активными читателями были выдающиеся ученые, дважды Герои Социалистического Труда академики В.С. Пустовой и П.П. Лукьяненко. В ней работали писатели Ф. Гладков, Д. Фурманов, С. Маршак, А. Фадеев. Постоянными читателями являлись академики М.И. Хаджинов и Г. С. Галлеев.

Фонд библиотеки – интеллектуальный ресурс для развития культуры, науки и образования Кубани.